A cada edição, o evento superava as expectativas. Tanto o público quanto o assunto não comportavam mais no espaço físico e temporal propostos inicialmente. Tentou-se então promover dois encontros anuais com a duração de dois dias. Foi um sucesso. O evento mudou o nome de Encontro Regional para Seminário Nacional. O público passou de 100 para 250 pessoas que participavam ativamente com novas idéias e propostas pela melhoria constante da qualidade e eficiência do transporte público.

Ainda assim, foi preciso crescer. Especialistas, técnicos, estudantes, urbanistas, advogados, sociólogos, administradores, enfim, as discussões se estenderam a todas as áreas de conhecimento e pediram por uma mudança estrutural significativa do evento. Em 1999, o Seminário adotou o atual formato. O encontro anual é composto por palestras, apresentação de cases, debates, além de feiras e mostras do setor. Cerca de 450 participam dos dois dias de Seminário. Os embates foram divididos entre os Colégios Técnico, de Advogados e de Gestão Empresarial para centralizar as discussões.

Na edição de 2007, a NTU realizou uma edição especial do evento em comemoração aos 20 anos de aniversário e muito trabalho da entidade. O Seminário Nacional também foi palco do lançamento do livro “Construindo o Progresso – A História do Transporte e os 20 anos da NTU”, da premiação do 1º Concurso de Fotografia NTU, da inauguração do Museu da NTU e da entrega da condecoração NTU 20 anos, em que foram agraciadas todas as pessoas físicas e jurídicas que tiveram participação relevante nesses 20 anos de história da NTU.